O ile dysponuje się odpowiednim know-how oraz zapleczem technologicznym to wybór oprogramowania staje się jeszcze bardziej skomplikowany przez wysoką różnorodność dostępnych rozwiązań. Zaliczyć można do nich darmowe aplikacje open source, płatne oprogramowanie pudełkowe oraz pisane na zamówienie i dostosowane do indywidualnych potrzeb sklepy internetowe. Wszystkie z nich cechuje pełny dostęp do plików oraz baz danych, co stanowi istotną zaletę, której pozbawione są aplikacje SaaS. Dodatkowo mając dostęp do niezaszyfrowanego kodu źródłowego oprogramowania sklepu online można go dowolnie modyfikować oraz wzbogacać o dodatkowe funkcje, o ile licencja oprogramowania na to zezwala.

Podczas dokonywania wyboru oprogramowania sklepu internetowego nie bez znaczenia jest jego cena. Dużą grupę aplikacji sklepów online stanowi oprogramowanie open source. W przypadku bardzo ograniczonego budżetu jest to najczęściej wybierane rozwiązanie. Należy mieć na uwadze, że brak opłaty za oprogramowanie nie oznacza, że wdrożenie takiego sklepu jest pozbawione kosztów. Może się bowiem okazać, co często ma miejsce, iż uruchomienie oraz administracja sklepu na darmowej aplikacji open source jest wielokrotnie droższe niż płatne rozwiązanie pudełkowe. Z drugiej zaś strony odpłatność za oprogramowanie wcale nie gwarantuje większych możliwości i sprawniejszego działania.

Pośród oprogramowania dostępnego za darmo w chwili obecnej swą uwagę należy zwrócić na OpenCart, PrestaShop oraz Magento. Być może już niebawem polskie oprogramowanie sklepu internetowego Gekosale zainteresuje rodzimych przedsiębiorców zamierzających prowadzić handel w Internecie. Lepiej jednak nie przesądzać o przyszłości Gekosale, gdyż projekt jest bardzo świeży, wciąż tworzony oraz mało popularny.